W 1616 r. Krzysztof Bogoria z Podłęża Podłęski na mocy przywileju króla Zygmunta III założył miasto Bogoria. W 1620 r. zbudował kościół drewniany, którym opiekowali się kanonicy regularni zwani „markami”. Przy kościele był klasztor i szpital. W 1626 r. O. Justus (Justyn) Pomorski sprowadził z Krakowa obraz Matki Boskiej Pocieszenia, dzieło Jana Sochera i umieścił go tymczasowo w kościele parafialnym w Kiełczynie. Stąd uroczyście sprowadzono go do świątyni w Bogorii i umieszczono w wielkim ołtarzu. Obraz ten zasłynął licznymi łaskami. Dnia 13 listopada 1681 r. Mikołaj Oborski, biskup sufragan krakowski dokonał uroczystego poświęcenia kościoła. Dopiero 9 kwietnia 1685 r. przywilejem tegoż biskupa erygowano parafię, która należała do dekanatu połanieckiego. Pierwszymi proboszczami parafii byli kanonicy regularni. Ostatnim z nich był o. Feliks Leszczykiewicz. W 1748 r. Michał Konarski, dziedzic Bogorii, kasztelan sandomierski otrzymał pozwolenie od biskupa Załuskiego na postawienie świątyni. Kamień węgielny pod nowy kościół poświęcił oficjał sandomierski ks. Andrzej Potocki. Uroczystego poświęcenia nowego murowanego kościoła dokonał w 1778 r. biskup sufragan lubelski Jan Lenczewski. Kościół przetrwał do dziś. Reprezentuje styl barokowy z rokokowym wystrojem wnętrza. W latach siedemdziesiątych obecnego stulecia wykonano malowanie wnętrza kościoła. Następnie założono ogrzewanie i granitową posadzkę, odnowiono elewację zewnętrzną i częściowo pokryto dachy blachą miedzianą. Od roku 1994 pokryto cały kościół blachą miedzianą, ufundowano nowe dzwony, wykonano nadmuchowo-gazowe ogrzewanie kościoła, dokonano renowacji polichromii i odnowiono zewnętrzną elewację świątyni. W roku 2008 wykonana została konserwacja i renowacja słynącego łaskami obrazu Matki Boskiej Pocieszenia. 11 maja tegoż roku miała miejsce uroczysta reintronizacja wizerunku Matki Bożej Pocieszenia, zwanej Panią Bogoryjską. W tym też roku wykonano konserwację i renowację mensy ołtarzowej i tabernakulum. W roku 2009 Pasterz Diecezji dekretem potwierdził, że świątynia w Bogorii jest Sanktuarium Matki Boskiej Pocieszenia. W listopadzie tegoż roku zakończyła się konserwacja i renowacja ołtarza głównego Sanktuarium. Od marca 2010 r. trwa konserwacja i renowacja pięciu ołtarzy bocznych, chóru i prospektu organowego. Dnia 29 VIII 2010 r. pod przewodnictwem bp. Krzysztofa Nitkiewicza odbyła się uroczysta koronacja słynącego łaskami obrazu Matki Boskiej Pocieszenia. Parafia posiada akta parafialne od 1810 r.