Początki Zawichostu nie zostały dotąd w pełni wyjaśnione. Źródła pisane odnotowują grodowy zespół osadniczy istniejący w Zawichoście w XII wieku. W grodzie miała wówczas siedzibę kasztelania i archidiakonat. Bulla Eugeniusza III z 1148 r., określająca grabice i uposażenie diecezji kujawskiej, wymienia kościół NMP ("ecclesia Sanctae Mariae in Zavichost"). Istnieje prawdopodobieństwo, że kościół ten ufundowała w końcu w. XI, a najpóźniej na pocz. XII stulecia, Judyta Maria, ostatnia żona Władysława Hermana. W innym dokumenie z 1191 r. spotykamy wzmiankę o kościele św. Maurycego ("capella sancti Maurici in Zavichost cum suis redditibus"), który przeszedł wraz z dochodami na uposażenie kolegiaty NMP w Sandomierzu. W tym czasie był także trzeci kościół p.w. Świętej Trójcy. Wprawdzie źródła pisane wymieniają go dopiero w spisach świętopietrza z lat 1325-1327, ale będąc siedzibą archidiakona musiał być zbudowany w okresie powstania archidiakonatu zawichojskiego datowanego na lata przed r.1171. Należy zatem przyjąć, że Zawichost był już w XI, a na pewno z początkiem XII w., znaczącym ośrodkiem kościelnym Małopolski. Od wczesnego średniowiecza Zawichost niszczyły liczne najazdy Rusinów i Mongołów oraz pożary. W czasach Jana Długosza były w Zawichoście wymienione świątynie. Kościół NMP, będący wtedy parafialnym, według opisu Długosza wzniesiony został z kamienia kwadratowego starożytnym sposobem ("more vetusto") na planie krzyża, przez dawnych książąt polskich. W 1255 r. książę Bolesław Wstydliwy ufundował w Zawichoscie kościół i klasztor klarysek, a jego ksienią została siostra Bolesława - bł. Salomea. W latach 50-tych XVII wieku, Zawichost został złupiony i doszczętnie spalony przez Szwedów. Wojna północna 1700-1727 również go nie oszczędziła. Kościoły zostały dotkliwie uszkodzone. W latach 1738-1744 kościół parafialny został odbudowany przez ks. Cypriana Lange i uroczyście poświęcony w 1744 r. W czasie II wojny światowej, 28 lipca 1944 r. został spalony; po wojnie odbudowany. W 1987 r. został odrestaurowany na zewnątrz i wewnątrz, gdy proboszczem był ks. Jerzy Siara. W XVII w. na ilustracji Dohlberga widoczny był jeszcze kościół św. Maurycego. Obecnie przez to miejsce przepływa główny nurt Wisły. Istniejącym do dziś kościołem jest świątynia pofranciszkańska. Wiele razy niszczona i palona w ciągu wieków i ostatnio podczas II wojny światowej. Świątynia ta należy do najwybitniejszych dzieł architektury przejściowego okresu (wczesny gotyk) nie tylko w Małopolsce. Podczas prac instalacyjno-ogrzewczych w krypcie kościoła parafialnego p.w. Wniebowzięcia NMP, pochodzącego z II poł. XVII w. z przebudowaniami ks. Cypriana Lange z lat 1738-1744, a następnie restaurowanego na pocz. XIX w., przypadkowo natrafiono na planie półkola na mur. Historyk sztuki i badacz architektury romańskiej Wojciech Koziejowski, na przełomie lat 1992-1993 przeprowadził wstępne badania i stwierdził, że odtryty mur to część romańskiej świątyni - apsyda, zachowana na poziomie krypty. Dalsze badania pozwoliły mu ustalić plan wschodniej części kościoła i zrekonstruować tzw. schemat teoretyczny kościelnego założenia. Świątynia założona została na planie krzyża z transeptem wyposażonym w apsydy, orientowana, pod prezbiterium zachowała się krypta (z nowożytnym sklepieniem kolebkowym) i reliktowe zamknięcie apsydialne (za późniejszym murem "prostokątnym"). Odkryto także profilowane cokoły filarów skrzyżowania prezbiterium i transeptu przy łuku tęczowym. Wszystkie te ujawnione elementy świadczą o niezwyczajnym programie przestrzennym wczesnoromańskiej świątyni i rzucają światło na określenie jej rangi artystycznej. Mamy więc ujawnione relikty świątyni zbliżonej skalą i programem przestrzenno-funkcjonalnym do kościołów trzeciej ćwierci XI wieku, która powstała z inspiracji, a może nawet fundacji bezpośredniej króla Bolesława Śmiałego. Parafia posiada akta parafialne od 1790 r.