Staraniem właściciela Zdziechowic Jana Treski, w uroczystość św. Maurycego 22 września 1409 r. została erygowana przez bpa Piotra Wysza, parafia św. Anny w Zdziechowicach, w miejscu odległym dziś o 2 km od Zaklikowa. Przedtem opieka duszpasterska na tym terenie należała do parafii św. Maurycego w Zawichoście, który wtedy leżał po prawej stronie Wisły. W 1565 r. Stanisław Zaklika założył (in radice) miasto Zaklików, które początkowo należało do parafii Zdziechowice. W 1580 r. staraniem mieszczan wybudowano drewniany kościół św. Anny, który stoi do dziś jako kościół cmentarny. Kościół był filią parafii w Zdziechowicach. Przy kościele w 1581 r. wybudowano szpital (przytułek) i założono szkołę parafialną. W latach 1585-1590 Zaklików i Zdziechowice nabył Marcin Gniewosz, wyznania kalwińskiego i zaraz po przejęciu dóbr, kościół w Zdziechowicach zamienił na zbór kalwiński. Proboszcz parafii Zdziechowice, ks. Paweł ze Zwolenia zamieszkał przy kościele św. Anny w Zaklikowie. Zbór kalwiński w Zdziechowicach upadł w 1594 r., a budynek został zniszczony przez pożar. Ziemia, gdzie stał, należy do dziś do parafii Zaklików. Parafię w Zaklikowie erygował bp krakowski Piotr Tylicki 5 września 1608 r., na prośbę Anny z Leszczów Gniewoszowej, wdowy po Marcinie Gniewoszu, której staraniem wybudowano murowany kościół w stylu barokowym p.w. Trójcy Przenajświętszej w Zaklikowie, jako wyraz ekspijacji za grzech odstępstwa męża. Kościół istnieje do dnia dzisiejszego, przebudowany w XVIII w. i pod koniec XIX wieku. Budynek murowany z cegły, otynkowany, jednonawowy, przy prezbiterium zakrystia z dwuizbowym pomieszczeniem na piętrze. Przy nawie dwie kaplice dobudowane podczas przebudowy w XVIII i XIX w. Nad nawą wieżyczka z sygnaturką. Oprócz ołtarza głównego z obrazami: Trójcy Przenajświętszej, Jezusa Ukrzyżowanego, Matki Boskiej Częstochowskiej (zasuwane) jest 5 ołtarzy bocznych z obrazami: św. Anny Samotrzeć, św. Bartłomieja, Serca Jezusa, Matki Bożej Niepokalanie Poczętej i św. Józefa. Obok kościoła stoi murowana dzwonnica z 1786 r. z trzema dzwonami. W końcu XVIII w. właściciele dóbr Zaklikowsko-Zdzichowickich ufundowali na terenie folwarku Antoniówka murowaną kaplicę św. Jana Nepomucena, a od końca XIX w. kapliczkę św. Antoniego Padewskiego - 1 km od Zaklikowa, w której odprawia się dwa razy do roku: odpust św. Antoniego i św. Huberta (sezon łowiecki). W 1944 r. staraniem ks. Stanisława Świostka, wikariusza parafii Zaklików założono Liceum Ogólnokształcące w Zaklikowie, istniejące do dnia dzisiejszego. W 1948 r.staraniem ks. Józefa Cieślickiego proboszcza z Zaklikowa, erygowano Dom Sióstr Józefitek na Radnej Górze. Zabudowania oraz ziemię podarowała siostrom Anna Nagórska. W 1988 r. wybudowano kaplicę p.w. św. Józefa. W 1957 r. staraniem ks. Józefa Cieślickiego w opustoszałym pałacu hrabiego Tarnowskiego erygowano Dom Opieki Caritas i instalowano SS. Opatrzności Bożej - Opatrznościanki w Irenie, 1,5 km od Zaklikowa. Przy Domu Sióstr erygowano kaplicę Najświętszego Serca Jezusa. W 1985 r. wybudowano kaplicę w Karkówce, 6 km od Zaklikowa p.w. Podwyższenia Krzyża świętego, którą obsługuje parafia. Parafia posiada akta parafialne od 1943 r.