Parafia Pniów została wydzielona z parafii Wrzawy, a założona staraniem Jana z Pniowa, archidiakona w Krakowie, w roku 1464. Do roku 1897 posiadała kościół drewniany. W tym czasie ukończono budowę nowego kościoła, murowanego z cegły w stylu gotyckim, zwanego przez biskupów przemyskich "Jutrzenką Północy". W czasie I wojny światowej, został podziurawiony pociskami artylerii wojsk austriackich i rosyjskich, ponieważ znajdował się w samej linii frontu. Po wojnie szkody zostały usunięte, wprawiono także nowe witraże, wnętrze zaś zostało przyozdobione piękną polichromią. Przyszedł tragiczny dzień 27 lipca 1944 roku. Rozgromione przez Armię Czerwoną i Wojsko Polskie oddziały hitlerowskie, w ostatnich godzinach swego pobytu, potwornymi ładunkami trotylu zburzyły świątynię Pniowską. Wielkim cierpieniem dla parafian stał się brak kościoła. Z ruin zburzonego kościoła ocalał tylko Obraz Matki Bożej Dobrej Rady, który ludzie zabrali ze sobą w poniewierkę, ukrywając się po lasach i ziemiankach. Parafianie pniowscy wciąż żyli myślą odbudowy kościoła. W 1955 roku, z inicjatywy księdza kan. Grabowskiego pełniącego w tym czasie obowiązki administratora parafii, na zebraniu postanowiono wybudować cegielnię parafialną, aby otrzymaną cegłę przeznaczyć na odbudowę kościoła. Stosowna chwila nadeszła w październiku 1956 r. Tutejszy inż. mgr Budziło Henryk zamieszkały w Krakowie zajął się sprawą odbudowy kościoła w Pniowie. Wykonanie projektów architektonicznych zlecono inż. mgr Zygmuntowi Gawlikowi z Krakowa, obliczenia statystyczne i dokumentację sporządził inż. mgr Henryk Budziło. Założono Komitet Budowy Kościoła, w skład którego weszli: proboszcz ks. Leon Trojnar, przew. Jędral Stanisław z Dąbrówki, inż. Budziło Henryk i jego brat Prorektor Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie prof. Budziło Jan, Lachowski Stanisław z Pniowa - majster budowy, Dyl Antoni kier. cegielni parafialnej, Grabowski Józef - skarbnik i zaopatrzeniowiec, Oszust Stanisław z Pniowa. Odbudowę zaczęto w dniu św. Jana Chrzciciela 1957 i w tymże roku wybudowano mury kościoła do wysokości dachu. W roku 1958 wybudowano część wieży i przykryto budowę dachem. W następnym roku wytynkowano kościół wewnątrz, założono okna, drzwi, a w dniu 25 października 1959 roku kościół został poświęcony przez dziekana rozwadowskiego ks. Aleksandra Ziemiańskiego. Urządzenie wnętrza kościoła powierzono Rektorowi Akademii Szuk Pięknych w Krakowie prof. Janowi Budzile. Wielką pomocą w odbudowie kościoła w Pniowie byli rodacy z Ameryki: ks. Franciszek Lądowicz, Franciszek i Józefa Czernikowscy, Maria Wzorek, Zofia Sowińska, Kazimierz Dudziński. 29 czerwca 1960 roku, uroczystego poświęcenia odbudowanego kościoła w Pniowie pod wezwaniem św. Zygmunta i Matki Bożej Dobrej Rady dokonał bp S. Jakiel, sufragan przemyski. Parafia posiada akta parafialne od roku 1828.