Obecny kościół seminaryjny (dawniej Sióstr Benedyktynek) został zbudowany w latach 1686-92 według projektu arch. Jana Michała Linka, staraniem ksieni Justyny Skarszewskiej i uroczyście poświęcony w roku 1692 przez biskupa krakowskiego Jana Małachowskiego. W 1903 r. budynki klasztorne - łącznie z kościołem, przejęło Wyższe Seminarium Duchowne. W r. 1966 spłonął ołtarz główny- pochodzący z końca XVII wieku, odrestaurowano jedynie oryginalne tabernakulum. Ołtarze boczne Matki Bożej i św. Benedykta są dziełem krakowskiego snycerza Franciszka Czernego. Ambona barokowa została wykonana w latach 1694-95, jest dziełem Mateusza Rozkwitowicza z Nowego Korczyna. Przedstawia ona ś. Benedykta w pozycji leżącej, z którego piersi wyrasta drzewo zawierające figury Ojców Kościoła i świętych zakonu Benedyktynów. Rektorem kościoła jest każdorazowy rektor Wyższego Seminarium Duchownego.