Uroczysta Msza Święta pontyfikalna, będąca kulminacyjnym punktem obchodów tysiąclecia życia monastycznego na Świętym Krzyżu, została odprawiona na Świętym Krzyżu w samo południe 11 czerwca 2006 r. Przewodniczył jej kardynał Peter Erdo, prymas Węgier. - Historyczna spuścizna klasztoru na Świętym Krzyżu i św. Emeryka również dzisiaj jest aktualna. Nowa ewangelizacja, ponowne odkrywanie i ciągle nowe przeżywanie dziedzictwa naszej wiary umacniają poczucie braterstwa naszych narodów - powiedział w homilii kardynał Erdo. Podkreślił, że tysiące wątków utkanych jest w kontaktach między diecezjami sandomierską a ostrzyhomsko-budapesztańską, między narodem polskim a węgierskim, a pośród nich między naszymi Kościołami. Na zakończenie prymas podziękował Bogu za tysiąc lat historii klasztoru na Świętym Krzyżu oraz za jego duchowe i umysłowe promieniowanie, które do dziś rozchodzi się z tego świętego miejsca i dodał "Proszę, by Bóg w Trójcy Przenajświętszy błogosławił naszej przyjaźni i współpracy, która splata nasze narody i wspólnoty wiary". Zaś biskup sandomierski Andrzej Dzięga w słowach powitania oznajmił: "Tysiąc lat temu przybył na polską ziemię królewicz Emeryk, syn świętego króla Węgier Stefana. Niósł na sobie relikwie z Drzewem Krzyża Świętego, podążając w królewskiej pielgrzymce do grobu św. Wojciecha. Opatrzność Boża sprawiła, że węgierski królewicz święty Emeryk podarował tej ziemi, polskiej ziemi i polskiemu ludowi Drzewo Krzyża Świętego. Związała się tu na zawsze tajemnica Trójcy Przenajświętszej z tajemnicą Krzyża. A ziemia ta stała sie właśnie ziemią świętokrzyską. Polscy królowie i polski lud uznali świętość tego miejsca. Przyjęli ogrom Bożej łaski i tak powstało pierwsze polskie sanktuarium, powstała pierwsza w Polsce Kalwaria". Na zakończenie Mszy został odczytany list prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, Lecha Kaczyńskiego oraz marszałka Sejmu Marka Jurka. Zaś dyrektor Generalny Lasów Państwowych, Andrzej Matysiak odczytał certyfikat, potwierdzający autentyczność sadzonek dębu Chrobrego, który ma zostać zasadzony na pamiątkę Świętokrzyskiego Milenium. Eucharystię obok biskupów sandomierskich celebrowało prawie 80 księży głównie z diecezji sandomierskiej, delegat generała Oblatów i radny zakonu na Europę o. Luis Ignacjo Rois OMI z Rzymu oraz przedstawiciele administracji prowincjalnej Oblatów. Byli obecni także wysłannicy Prezydenta RP, rządu z ministrami kultury - Kazimierzem Michałem Ujazdowskim i środowiska - prof. Janem Szyszko; parlamentarzyści oraz przedstawiciele władz samorządowych. Uczestniczyło w niej około 9 tys. wiernych. Msza Święta transmitowana była na cały świat przez TV Polonia. Natomiast rano Mszy Świętej pontyfikalnej, którą transmitował I program Polskiego Radia przewodniczył biskup sandomierski Andrzej Dzięga w asyście m.in. o. Teodora Jochema OMI z Poznania, prowincjała Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej i kaznodziei, opata tynieckiego o. Bernarda Sawickiego OSB. - Wiemy, że miniona niedziela była momentem kulminacyjnym obchodów millennijnych, ale trzeba też pamiętać, że ten jubileusz rozciąga się na cały rok - powiedział o. Bernard Briks OMI, superior klasztoru świętokrzyskiego. - Czeka nas jeszcze wiele wspaniałych przeżyć, takich jak choćby słynne oratorium "Golgota Świętokrzyska", na które zapraszamy 18 czerwca - poinformował ojciec superior. Świętokrzyskie Millennium jest doskonałą okazją do uzyskania odpustu zupełnego. Można go otrzymać pod zwykłymi warunkami - nawiedzenia Świętego Krzyża, uczczenia relikwii, stanu łaski uświęcającej, modlitwy w intencjach Ojca Świętego i zmarłych. Obchodom jubileuszowym towarzyszyły mistrzowskie wykonania wielkich dzieł muzycznych m.in. fragmenty Missa solemnis Sandomiriensis "Beati Mundo Conde" czy Missa solemnis E-mol Mozarta przez Filharmonię Świętokrzyską, Śląską, chóry i zespoły śpiewacze.

W milenijnych uroczystościach uczestniczyli także pielgrzymi z Węgier. Węgrzy są szczególnie związani z tym mistycznym miejscem. Ci, którzy znają legendy związane z klasztorem na Świętym Krzyżu wiedzą, jak ważną rolę odegrał w jego historii książę Emeryk - Imre, syn króla węgierskiego św. Stefana. To on - według tradycji - przywiózł do Polski relikwie Drzewa Krzyża Świętego. Podczas polowania, na które zaprosił go król Bolesław Chrobry, Emeryk zgubił się i w gęstwinie leśnej zobaczył pięknego jelenia ze świetlistym krzyżem miedzy rogami. Nie zabił go i w nagrodę anioł zaprowadził go do drewnianego klasztoru na szczycie Łyśca, i polecił pozostawić mnichom relikwie, które są tu przechowywane do dziś. Wymiar międzynarodowy sanktuarium podkreśliła Narodowa Pielgrzymka Węgierska, która 10 czerwca nawiedziła Święty Krzyż. 300 pielgrzymów z Węgier z kard. Peterem Erdo i kapłanami odprawiało nabożeństwo Drogi Krzyżowej przy Krzyżach Katyńskich i Drodze Królewskiej oraz modliło się przy ołtarzu węgierskim św. Emeryka. Boczny ołtarz znajdujący się po lewej stronie świętokrzyskiej świątyni został przekazany narodowi węgierskiemu przez biskupa sandomierskiego Andrzeja Dzięgę. Potomkowie św. Emeryka przywieźli również jego relikwie w nowym relikwiarzu, który zostanie umieszczony w ołtarzu. W sobotnio - niedzielnych uroczystościach uczestniczyły także węgierskie chóry dziecięco - młodzieżowe szkół katolickich: "Panonia Sacra" z Budapesztu i "Monte Verde" z Esztergom. Na świętokrzyskim szczycie nie zabrakło również delegacji Słowaków i Ukraińców.