Wieś Borki Nizińskie istniała już w XV w. i należała do parafii Gawłuszowice. We wsi Borki Nizińskie pod koniec w. XIX wybudowano kaplicę, w której raz w roku odprawiano Mszę świętą. W czasie działań wojennych w 1944 r. kaplica została zburzona, a na jej miejscu już w tym samym roku wybudowano kościół drewniano-murowany. Budowie tej przewodniczył ks. J. Musiał, wikariusz z Pacanowa przebywający tutaj na wysiedleniu. Dzieła budowy dokończył ks. M. Jędrychowski - kapłan archidiecezji lwowskiej były proboszcz w Lubieniu Wielkim k. Gródka Jagiell., który przybył tutaj w r. 1945. Budynek kościoła był bezstylowy, wykonany częściowo z cegły i pustaków (prezbiterium) częściowo z drzewa o konstrukcji słupowo zrębowej, oszalowany, kryty blachą. Posiadał jedną nawę i węższe prezbiterium. Nad nawą była wieża na sygnaturkę. Po pierwszej wizytacji kanonicznej przeprowadzonej przez bpa J. Stepę z Tarnowa została utworzona parafia - erygowana dnia 10 lipca 1951 r., a jej pierwszym proboszczem został mianowany ks. Michał Jędrychowski, dotychczasowy rektor. W skład nowej parafii weszły wioski z parafii Gawłuszowice: Borki Nizińskie, Babicha i Młodochów. Ks. Michał Jędrychowski pełnił funkcję proboszcza do r. 1971. Po nim obowiązki proboszcza objął ks. Jan Słonka. W latach 1979-1981 została wybudowana nowa plebania, na miejsce drewnianej i małej, która została przeznaczona na dom parafialny. W roku 1984 otrzymano zezwolenie Urzędu Gminy w Tuszowie Narodowym z dnia 24 września 1984 r. i przystąpiono do budowy nowego kościoła. Projekt architektoniczny sporządził inż. mgr J. Szczebak z Tarnowa, a projekt konstrukcyjny wykonał mgr W. Majka z Tarnowa. Uroczystego wmurowania kamienia węgielnego poświęconego przez Papieża Jana Pawła II na Błoniach Krakowskich dnia 22 czerwca 1983 r. dokonał bp W. Bobowski 15 września 1985 r. Prace budowlane zostały doprowadzone do tego stopnia, że 25 grudnia 1990 r. została odprawiona pierwszy raz Msza święta -Pasterka-. Od tej pory już na stałe odprawiane są nabożeństwa w nowym kościele. W roku 1991 ufundowane zostały nowe dzwony do kościoła, wszystkie o wadze 1000 kg. 11 października 1992 r. odbyła się uroczystość poświęcenia nowych dzwonów i pobłogosławienia nowego kościoła, której przewodniczył bp E. Frankowski. 27 czerwca 1993 roku wybudowano nową dzwonnicę. W 1994 roku uporządkowano plac wokół kościoła i wstawiono do kościoła nowe dębowe ławki i konfesjonały. W 2002 roku wstawiono do kościoła nowy ołtarz marmurowy, dwie ambony i pozłocono przedsoborowy ołtarz główny. Parafia posiada akta parafialne od 1788 r.