Pierwotnie kościół w Czyżowie został wzniesiony w 1453 r. w stylu gotyckim przez sławny w Małopolsce ród Czyżowskich. "Czyżowscy za panowania Zygmunta Augusta przyjąwszy wyznanie helweckie, kościół zamienili na zbór. W 1615 r. Mikołaj Czyżowski chorąży chełmski odziedziczywszy Czyżów po bezdzietnym bracie Hieronimie, kościół zamienił z powrotem na rzymsko-katolicki." (Encyklopedia Powszechna S. Oldenbrada t. VI 1861 r.). W czasie najazdu Szwedzi zniszczyli kościół. Pozostało tylko część prezbiterium z dwoma oknami gotyckimi. W 1740 r. Aleksander Czyżowski kasztelan połaniecki i właściciel Czyżowa zbudował kościół obecny, barokowy, orientowany z dwoma kaplicami bocznymi i dzwonnicą. W następnym roku 1741 r., bp Michał Kunicki, uroczyście poświęcił kościół. Piękną trzykondygnacyjną wieżę projektował i zbudował ks. Józef Karsznicki proboszcz w Czyżowie. Na przełomie XIX i XX w. staraniem ks. Feliksa Kuropatwińskiego i pomocą hrabiego Henryka Prędowskiego oraz parafian kościół pokryto czerwoną dachówką, odmalowano, obłożono mur kościoła płytami granitowymi. W czasie II wojny światowej dach uległ zniszczeniu. Niemcy wywieźli trzy dzwony z roku 1664 i 1735 roku. Ks. B. Wroniszewski wyremontował kościół i dzwonnicę ze zniszczeń wojennych. W ostatnich latach pokryto blachą miedzianą dzwonnicę, prezbiterium, kaplice boczne i kruchtę z wymianą w całości lub w części więźb dachowych. Prawie cały kościół zewnątrz otynkowano i odwodniono. Parafia posiada akta parafialne od 1807 r.