Parafia w Łoniowie istniała już w 1319 roku i zaliczona została do archidiakonatu sandomierskiego. Jan Długosz podaje, że w roku 1440 stał w Łoniowie kościół murowany pod wezwaniem św. Mikołaja Biskupa. Kościół ma jedną nawę, a zbudowany jest w kształcie krzyża. Kaplica Matki Bożej Szkaplerznej została zbudowana przez Łukasza Moszyńskiego, właściciela Łoniowa, w roku 1759. Przeciwległą kaplicę św. Franciszka Ksawerego wybudował przy końcu XVIII w. hr. Ignacy Hilary Moszyński. Ołtarz i obraz św. Franciszka Ksawerego pochodzi z kościoła Ojców Jezuitów w Sandomierzu. Również z tego samego kościoła jest wielki ołtarz wraz z figurami świętych Apostołów Piotra i Pawła. W roku 1818 Ignacy Hilary Moszyński odrestaurował kościół i wybudował od frontu kościoła wieżę, która za duszpasterzowania ks. Józefa Postka w roku 1886 została podniesiona o jedną kondygnację. Wieża służy jako dzwonnica dla dwu dzwonów i sygnaturki. W roku 1569 właściciel Łoniowa Paweł Gniewosz został kalwinem i temu wyznaniu oddał kościół w Łoniowie. Po 20 latach w roku 1589 Marcin Gniewosz idąc za zachętą żony, Anny z Leszczów, powrócił do katolicyzmu i kościół w Łoniowie oddał z powrotem katolikom. 22 października 1663 roku biskup Tomasz Oborski, sufragan krakowski uroczyście poświęcił kościół w Łoniowie razem z trzema ołtarzami. Obecnie w kościele znajduje się pięć ołtarzy drewnianych: wielki z obrazem św. Mikołaja Bpa Patrona kościoła, w górze obraz Matki Bożej Bolesnej, boczny św. Jana Nepomucena, boczny św. Józefa. W kaplicy prawej obraz Matki Bożej Szkaplerznej, w kaplicy bocznej po lewej stronie św. Franciszka Ksawerego. Pod chórem znajdują się stalle z obrazami 12 Apostołów, z roku 1754. Na zewnątrz kościoła, na ścianie kaplicy św. Franciszka Ksawerego znajduje się w niszy pomnik, przedstawiający trumnę, a przy niej niewiastę. Jest to pomnik Zofii z Rozmiszewskich hr. Moszyńskiej, żony Ignacego Hilarego zm. w 1812 roku. Obok są inne płyty, również w kościele jest kilka płyt nagrobkowych, najstarsza z roku 1672. Na cmentarzu przykościelnym stoi kamienny pomnik w kształcie krzyża byłego proboszcza parafii Łoniów ks. mgr Walentego Czapczyńskiego zm. 6 maja 1866 r. Jego staraniem i kosztem została wybudowana plebania do dziś istniejąca. W roku 1959 staraniem ks. Stanisława Wrony, a ofiarnością parafian i Polonii Amerykańskiej dokonano gruntownego remontu kościoła i umieszczono nową polichromię. W roku 1982 zakupiono do kościoła nowe organy. W roku 1988 dokonano konserwacji głównego ołtarza razem z obrazami św. Mikołaja i Matki Bożej Bolesnej. W roku 1992 ofiarnością parafian dokonano konserwacji obrazu św. Franciszka Ksawerego. Parafia posiada akta parafialne od połowy XVI wieku.