Pierwszy kościół parafialny pod wezwaniem św. Magdaleny był ufundowany w 1412 r. przez Jana Dłutto we wsi Sługi Dłutowo. Był to kościółek modrzewiowy. Jan Dłutto uposażył parafię ziemią (trzysta włók) i lasem. W 1642 r. na mocy przywileju Władysława IV, Stanisław Wioteski, chorąży bełski, założył prywatne miasteczko zwane Modliborzyce. Tenże dziedzic ufundował obecny kościół. Budowano go od 1645 r. do 1664 r. Kościół jest pod wezwaniem św. Stanisława B. Uroczyście poświęcił go w 1668 roku bp Mikołaj Oborski, sufragan krakowski. Wtedy to parafia została przeniesiona do Modliborzyc. Kościółek drewniany dotrwał do połowy XIX w. Kościół rekonstruowany - odbudowano fronton. Po pożarze w 1814 r. i 1841 r. zdjęto sklepienie murowane i zastąpiono je drewnianym stropem. W latach 1872-1876 położono w kościele drewnianą podłogę, pokryto kościół blachą i ozłocono ołtarze. W 1939 r. spłonęła od bomb niemieckich dzwonnica, plebania, wikariat i budynki gospodarcze. Po wojnie (1956-61) zbudowano sklepienie na konstrukcji żelbetonowej ze sztukaterią. Położono też laskrykową posadzkę. W ostatnich latach poddano konserwacji trzy ołtarze oraz obrazy w nich się znajdujące. Parafia Modliborzyce wydała wielu kapłanów, w tym biskupa Wincentego a Paulo Pieńkowskiego, konsekrowanego w 1853 r. i biskupa Józefa Drzazgę, ordynariusza warmińskiego (1958-1978). W 1990 roku przystąpiono do prac remontowych, które trwają do dzisiaj. W ciągu tych lat wymieniono blachę na kościele, otynkowano zewnątrz, założono nową instalację elektryczną i nagłośnieniową, przeprowadzono renowację ołtarza głównego i dwóch ołtarzy bocznych, pomalowano wnętrze kościoła, ułożono z kostki chodnik. W 2002 roku odnowiono gruntownie zabytkową dzwonnicę i zainstalowano elektryczny napęd do dzwonów. Parafia posiada akta parafialne od 1756 r.