Do roku 1896 osada "Malce" należała do parafii Racławice. Od roku 1896, tj. od daty wybudowania kościoła w Nisku, mieszkańcy osiedla Malce korzystali z posług religijnych tej parafii. Dla potrzeb kultu wybudowano na Malcach małą kapliczkę na 10 osób, której inicjatorem był Tomasz Biś. On też zakupił dla tej kapliczki obraz Matki Bożej z 1837 roku, który był odnawiany w roku 1872 kosztem Walentego Biesa.

W roku 1910 staraniem ks. Władysława Kisielewicza wybudowano kaplicę, której fundatorami byli hrabiowie Maria i Oliwier Resegier. W roku 1934, dzięki ofiarności społeczeństwa, miejscowy stolarz Karol Fusiek wykonał ołtarz i odmalował kaplicę.

W księdze inwentarzowej parafii czytamy: Kaplica z 1910 roku, murowana jest w stylu gotyckim. Wewnątrz znajduje się ołtarz drewniany domowego stylu z obraz Matki Bożej "ad Nives." Kaplicę poświecono w roku 1911.

Do roku 1968 kaplica była jedynym miejscem umożliwiającym sprawowanie liturgii, którą odprawiali księża z Niska. Początkowo odprawiano Mszę świętą raz w roku z okazji odpustu. Następnie raz w miesiącu, a od roku 1967 w każdą niedzielę i święta.

Dnia 28 kwietnia 1968 roku ówczesny biskup przemyski Ignacy Tokarczuk wyznaczył duszpasterzem dla Malc księdza Mariana Rajchla. Pod jego kierownictwem dobudowano do kaplicy przedsionek (10 m2), z boku przybudówkę (40 m2) konstrukcji metalowo-drewnianej. Pod przybudówką w piwnicach urządzono punkt katechetyczny.

Od roku 1973 nowym duszpasterzem parafii Nisko - Malce został mianowany ksiądz Władysław Kenar. Poczyniono starania o budowę nowego kościoła. Gromadzono materiały budowlane. Obok plebanii powstał punkt katechetyczny, pomieszczenie dla biblioteki parafialnej i miejsce spotkań młodzieży.

Dnia 26 grudnia 1975 roku zostały poświęcone trzy dzwony umieszczone na dzwonnicy parafialnej konstrukcji metalowej (dzisiaj w Kłyżowie). Jednocześnie czyniono starania o zezwolenie na budowę kościoła. Pełną dokumentację kościoła opracował architekt Roman Orlewski z Rzeszowa.

Dnia 18 czerwca 1977 roku bp Ignacy Tokarczuk poświecił i wmurował kamień węgielny z aktem erekcyjnym w fundamenty kościoła. W listopadzie tego roku kościół był już gotowy w stanie surowym. Projekt malowania kościoła i kaplicy oraz polichromię w kościele, obrazy na płótnie w kaplicy przygotował artysta malarz Zbigniew Gizela z Krakowa. Wystrój wnętrza został wykonany wg projektu architekta wnętrz Macieja Rudnickiego z Krakowa. Dnia 10 kwietnia 1983 roku biskup przemyski dokonał uroczystego poświecenia kościoła i ołtarza.

W roku 1984 nowym duszpasterzem parafii p.w. MBKP w Nisku - Malcach został ksiądz Józef Matuła, dotychczasowy wikariusz w parafii p.w. św. Józefa w Nisku. W latach posługi proboszczowskiej Księdza Kanonika Józefa Matuły dokonano renowacji figury Świętej Rodziny, ofiarnością parafian zakupiono obraz Matki Bożej Częstochowskiej Królowej Polski oraz obraz Jezusa Miłosiernego, uzupełniono szaty i paramenty liturgiczne.

Ksiądz kanonik Józef Matuła pełnił posługę proboszcza do roku 2002, kiedy to osiągnął wiek kanoniczny i przeszedł na zasłużoną emeryturę. ksiądz kanonik Józef Matuła jest pierwszym zmarłym proboszczem Malc, a stało się to 18 kwietnia 2008 roku.

Od 14 lutego 2002 roku proboszczem parafii został ksiądz kanonik Bogdan Łubik. Staraniem parafian, pod kierownictwem proboszcza, po wielu latach dokonano szeregu prac renowacyjnych i inwestycyjnych.

W latach 2002 - 2009, dzięki wielkiej ofiarności parafian dokonano: staraniem i fundacją Adama i Danuty Bąk w roku 2001 renowacji obrazu Matki Bożej i uzupełniono go o znaki godności królewskiej. W tym samym roku odbyła się peregrynacja obrazu Jezusa Miłosiernego w rodzinach parafii; wykonano nowe stacje drogi krzyżowej (wyk. Jan Łyko z Rudnika) (2002); sprowadzono relikwie św. Faustyny i zaprowadzono codzienne nabożeństwo Koronki (2002); ponadto staraniem księdza proboszcza w roku 2003 zostało założone Bractwo Różańca Świętego i Bractwo Szkaplerza Świętego;. Ksiądz proboszcz wprowadził kilka nowych nabożeństw okresowych, a wśród nich Nabożeństwa Fatimskie (od 2003 r) z peregrynacją figury Matki Bożej Fatimskiej sześcioma trasami parafialnymi; kilka rodzajów Godzinek i kilka nowych grup duszpasterskich (m.in. Krucjatę Eucharystyczną, Szkolne Koło Caritas - 2004, Caritas Parafialną, Honorową Straż Najświętszego Serca Pana Jezusa - 2002). W roku 2003 zostały przeprowadzone misje święte (o. Bronisław Tarka - karmelita), a w roku 2005 - Misje Intronizacyjne Najświętszego Serca Pana Jezusa (ks. Maciej Moskwa - sercanin). W ostatnich latach z ofiar sponsorów zakupiono szereg szat liturgicznych, kielichy i inne paramenty oraz nowe stroje dla Liturgicznej Służby Ołtarza.

W kościele parafialnym i na plebanii wymieniono piec CO i wszystkie okna; wymieniono oświetlenie kościoła (2002); wykonano odwodnienie kościoła (2002) i uporządkowano jego dolną część przeznaczając na spotkania duszpasterskie; uporządkowano plac kościelny; wykonano kraty zabezpieczające (inwestycja związana z ubezpieczeniem kościoła); dokonano przebudowy prezbiterium (2003); wykonano nowy chodnik wokół kościoła (2003 - firma p. Ryszarda Drobnego); w roku 2003 odnowiono kaplicę z 1910 roku oraz dokonano renowacji łaskami słynącego obrazu Matki Bożej (dar p. Ewy i Ryszarda Szewczyków) - kaplica została wpisana do rejestru zabytków; odnowiono figurę Świętej Rodziny (2005) i wykonano jej zadaszenie (2006) - również ta figura została wpisana do rejestru zabytków; w roku 2008 wykonano docieplenie i wymianę stropów kościoła (dar p. Moniki i Zbigniewa Rokosz oraz firmy p. Kazimierza Hetela z Niska); w roku 2008 dokonano także renowacji wnętrza kościoła (malowanie); dokonano gruntownego remontu i rozbudowy plebanii (dobudowano piętro, a obecnie trwają prace wykończeniowe); uporządkowano punkt katechetyczny wygospodarowując pomieszczenia mieszkalne i duszpasterskie; uzupełniono dokumentację kancelaryjną. W roku 2008 rozpoczęto dzieło witrażowania kościoła według projektu p. Józefa Gołębia z Rzeszowa, które w sierpniu 2009 roku zostało zakończone. W dwudziestu oknach zainstalowano sceny 20 tajemnic różańca świętego (dar róż różańcowych oraz osób prywatnych).