Kościół Rektorski pod wezwaniem Ducha Świętego w Sandomierzu jest położony w obrębie malowniczego Starego Miasta, tuż obok Bramy Opatowskiej. W dawnym Sandomierzu panowała zasada, że wszystkie świątynie położone na terenie miasta lokacyjnego rozmieszczone były w niewielkiej odległości od muru miejskiego. Jednocześnie każda z nich zlokalizowana była przy jednej z czterech głównych ulic miasta. Kościół Ducha Świętego jest usytuowany zgodnie z tą zasadą. Historia powstania tej Świątyni sięga XIII wieku. Wówczas to w 1222 roku krakowski kasztelan Żegota ufundował dla Zgromadzenia Kanoników Regularnych Ducha de Saxia kompleks, w skład którego weszły następujące budynki: kościół, klasztor i szpital. Dzieje Kościoła Świętego Ducha i zabytkowego kompleksu budynków to na przemian okresy świetności oraz upadku, zniszczeń pożarowych, odbudowywania lub remontów.

Pierwotnie Kościół Ducha Świętego był świątynią drewnianą. Spłonęła ona w pożarze, w czasie najazdu Litwinów na miasto w 1349 roku. Kościół ten odbudowano w II ćwierćwieczu XIV wieku, ale już jako świątynię murowaną położoną w obrębie murów miejskich. Wzniesiono wtedy kościół gotycki, pseudodwunawowy, z dwiema kaplicami - jedna od strony południowej i jedna od strony północnej, charakterystyczną fasadą, prezbiterium, sygnaturką. Budowla była wykonana z cegły i pokryta gontem. Kościół ulegał w kolejnych wiekach zniszczeniom podczas nawiedzających miasto pożarów. Jeden z nich miał miejsce w 1525 roku, kiedy to spłonął zamek, domy przy ul. Opatowskiej razem z kościołem Świętego Ducha. Odbudowano go sumptem mieszczan sandomierskich. Kościół wymagał jednak przez cały czas starannego utrzymania, co podkreśla w aktach biskup krakowski Bernard Maciejowski po dokonaniu wizytacji w 1604 roku. Następny pożar, który zniszczył dach kościoła wybuchł w nocy z 11 na 12 maja 1612 roku, spalił się wtedy Szpital Świętego Ducha wraz z dachem świątyni oraz ołtarzami, z wyjątkiem ołtarza w kaplicy północnej, ambony, chóru z organami. W niewielkim odstępie czasu, w roku 1633 ogień znowu zniszczył szpital i otoczenie Kościoła Świętego Ducha. Z kolei w pożarze z 1647 roku spłonęła dzielnica żydowska i zabudowania przy ul. Opatowskiej, jednak najprawdopodobniej sam kościół i budynki szpitalne ocalały.

Wiadomo, że gotycki kościół pw. Świętego Ducha został przebudowany w II połowie XVII wieku. Szpital i kościół Świętego Ducha, zbudowane na wzór budynków krakowskich Duchaków, przetrwały zniszczenia wojenne oraz kontrybucje wojskowe pierwszej połowy XVIII wieku. W 1757 roku po raz kolejny obiekt został zniszczony przez duży pożar, podczas którego wypaliło się wnętrze kościoła. Później odbudowano go z ruiny z ogromnym trudem. Kościół Świętego Ducha odbudowano wtedy już w stylu barokowym. Dalsze prace o charakterze zabezpieczającym w kościele były prowadzone w ciągu wieku XIX. Na początku XIX wieku w 1809 nastąpiły duże zniszczenia kościoła, szpitala i klasztoru na skutek prowadzonych walk. Wówczas to wojska austriackie zdewastowały wnętrze szpitala i kościoła (uszkodzeniu uległy przede wszystkim chór oraz organy w kościele). Ponadto wiadomo też, na podstawie zachowanych materiałów, że w 1812 roku nie było już kaplicy północnej, którą wymieniano jeszcze w opisie kościoła z 1799 roku.

Od początku istnienia kościoła, aż do roku 1814 opiekę nad nim sprawowali Duchacy. Po likwidacji Zgromadzenia w Polsce w 1784 roku, przy sandomierskim kościele pozostał jego rektor i proboszcz Ks. Jakub Janowski - ostatni przedstawiciel Duchaków w tym mieście. Po jego śmierci w dniu 22 kwietnia 1814 roku obowiązki tymczasowego administratora Kościoła pełnił ks. Tomasz Drozdowski, będący proboszczem Obrazowa, aż do roku 1821. Następnie świątynia znalazła się pod opieką Sióstr Miłosierdzia, które przejęły dzieło prowadzone przez Duchaków w 1819 roku. Rektorem Kościoła Świętego Ducha został wtedy ks. Tomasz Dutkowski, który sprawował swą funkcję do 1830 roku. Podczas jego kadencji w 1829 roku dobudowano klasycystyczną fasadę świątyni.

Kościół Ducha Świętego od wieków jest świątynią związaną z działalnością dobroczynną na rzecz osób chorych, starszych, ubogich i potrzebujących pomocy. Stanowił on do 1982 roku świątynię znajdującą się przy Szpitalu Ducha Świętego, co warunkowało jego szczególny charakter. Świątynia ta posiada wielowiekową historię, zachowała do dziś niepowtarzalny charakter architektoniczny i wiele bezcennych zabytków sztuki sakralnej. Najważniejszym jednak faktem związanym z kościołem Ducha Świętego jest nieustanna działalność charytatywna prowadzona przy tej świątyni. Historia kościoła Ducha Świętego po roku 1994 wiąże się z działalnością charytatywną prowadzoną przez Caritas Diecezji Sandomierskiej. Miejsce to jest, od wieków, poświęcone w sposób szczególny osobom chorym, starszym, ubogim i potrzebującym pomocy, a w szczególności dzieciom niepełnosprawnym. Kościół Ducha Świętego w latach 90. XX wieku przechodził konieczne prace remontowo-konserwatorskie i renowacyjne. Warty podkreślenia jest fakt, że świątynia ta służy wiernym z terenu całej Diecezji Sandomierskiej, gdyż jest ostoją wielu wydarzeń i akcji prowadzonych przez Caritas Diecezji Sandomierskiej oraz jej placówki. Do najważniejszych faktów w najnowszej historii kościoła Ducha Świętego należą m.in. otwarcie w dniu 25 marca 2009 r. nieopodal Kościoła Ducha Świętego pierwszego w Sandomierzu „Okna Życia” pod patronatem Caritas Diecezji Sandomierskiej oraz akcja „1 Milion Gwiazd”, która miała miejsce w dniu 14 listopada 2009 roku.