Historia kościoła p.w. Ducha Świętego, obecnie Sanktuarium Błogosławionego Jana Pawła II, swoimi korzeniami sięga roku 1596. Źródła historyczne przekazują, iż wtedy to drewniany zbór ariański w Staszowie (wybudowany w 1580 r.), przekształcony został w katolicki kościół p.w. Ducha Świętego. Początkowo zarządzał nim proboszcz kościoła p.w. Świętego Bartłomieja, a od 1685 r. prebendarz, gdyż przy kościele tym, za staraniem ks. Jana Michałowicza, została utworzona prebenda.

W 1689 r. kościół p.w. Ducha Świętego uległ spaleniu. Mieszkańcy miasta odbudowali go własnym kosztem w 1695 r. Był to również kościół drewniany. Posiadał pięć ołtarzy, w tym cztery boczne. Poświęcił go biskup Stanisław Szembek. Stał do 1828 r., po czym został rozebrany i na tym samym miejscu rozpoczęto budowę nowego, murowanego kościoła, również pod wezwaniem Ducha Świętego, który ukończono w roku 1833. Kościół ten architektonicznie wybudowany został w stylu neoklasycznym na osi wschód-zachód. W jego bryle dominowała wieża. Posiadał trzy ołtarze. Główny z wizerunkiem Chrystusa na krzyżu, później z obrazem Matki Bożej Niepokalanego Poczęcia, a od 1899 r. z wizerunkiem Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Z prawej strony stał ołtarz boczny poświęcony męczennikom Kryspinowi i Kryspianowi, a z lewej - świętemu Józefowi. Świątynia uległa częściowemu zniszczeniu podczas ataku lotnictwa niemieckiego na Staszów w 1944 r. Zrujnowane zostało pokrycie oraz więźba dachowa nawy i prezbiterium, a także mury świątyni od strony północno-zachodniej. Uszkodzenia doznała konstrukcja wieży, jej hełm, apsyda i pozostałe odcinki ścian oraz budynek zakrystii. Pożar strawił prawie całe wyposażenie kościoła. Ocalał jedynie obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy z ołtarza głównego.

Po zakończeniu działań wojennych parafianie postanowili odbudować kościół Ducha Świętego, gdyż jeszcze w czasie trwania wojny wielu z nich złożyło Bogu ślubowanie, że w zamian za ocalenie życia to uczynią. Okazało się, że ze względu na rozmiar zniszczeń, kościoła nie można odbudować. Powstał plan budowy nowej świątyni pod tym samym wezwaniem. W 1948 r. po zatwierdzeniu projektu kościoła przez Diecezjalną Komisję ds. Budownictwa Sakralnego, wykonanego przez inż. arch. Józefa Jamroza, przystąpiono do jego realizacji. Po uporządkowaniu placu rozpoczęto gromadzenie materiałów i środków finansowych. W 1950 r. władze państwowe nakazały wstrzymanie prac, a następnie zabroniły budowy kościoła, nie zważając na petycje wiernych, proboszczów i biskupów. Prośby do władz o pozwolenie na budowę kościoła nasiliły się zwłaszcza na przełomie lat 60. i 70. XX w., gdy Staszów zaczął się dynamicznie rozwijać. W pobliskim Grzybowie odkryto bowiem złoża siarki i wybudowano tam kopalnię do jej eksploatowania. Spowodowało to gwałtowny wzrost liczby mieszkańców miasta, a tym samym i parafii. Mimo to wierni mieli tylko jedną małą parafialną świątynię p.w. Świętego Bartłomieja z XIV w. i mogącą pomieścić zaledwie 400 osób. W niedziele i święta kościół ten przypominał oblężoną twierdzę. Był to szczególnie ciężki czas dla parafian. Kolejne lata żmudnych starań o pozwolenie na budowę nowego kościoła, którym patronował biskup Piotr Gołębiowski, w roku w 1982 r. zakończyły się sukcesem. Bryłę architektoniczną świątyni zaprojektował, mieszkaniec Staszowa, mgr inż. arch. Jerzy Wójcik, a projekt części konstrukcyjnej sporządził prof. dr hab. Stefan Goszczyński z Politechniki Świętokrzyskiej. Plany uzbrojenia terenu zostały wykonane przez mieszkańców Staszowa, rodzeństwo inż. Grażynę i Krzysztofa Kowalczewskich.

Wierni parafii zdecydowali, by nowa świątynia była wotum za ocalenie życia Jana Pawła II podczas zamachu 13 maja 1981 r. Pracami organizacyjnymi i budowlanymi zgodnie z decyzją biskupa Edwarda Materskiego zajął się ks. Henryk Kozakiewicz ówczesny wikariusz, a obecnie proboszcz parafii p.w. Świętego Bartłomieja. Nad stawianiem konstrukcji kościoła czuwał inż. Józef Kondek. Nadzór budowlany sprawował inż. Zbigniew Skład, a pracami budowlanymi kierował mistrz budowlany Józef Leśniak z Sandomierza.

Wierni z wielkim zapałem i ofiarnością zdobywali potrzebne materiały oraz codziennie modlili się na placu budowy. 3 października 1985 r. wmurowany został kamień węgielny, który poświęcił 10 czerwca 1979 r. w Krakowie Jan Paweł II. Natomiast 3 listopada 1985 r. mury górnej kondygnacji poświęcił biskup Adam Odzimek. Po 13 latach budowy, 13 października 1996 r., kościół konsekrował biskup Wacław Świerzawski ordynariusz diecezji sandomierskiej. Dzień ten zapisał się w annałach Staszowa jako jeden z najważniejszych i najradośniejszych w jego trudnych dziejach. Zapamiętany został jako dzień zwycięstwa w walce o odzyskanie utraconej dumy. Dzień odzyskania pełnej wolności nad systemem zniewolenia umysłów i sumień. Dzień zwycięstwa dobra nad złem przez dobro wyrażające się w poświęceniu i ofiarności mieszkańców Staszowa i jego duszpasterzy, a także jako dzień przekazania następnym pokoleniom świadectwa, że Bogu Najwyższemu należy się wdzięczność za Jego pełną miłości i dobroci Opatrzność względem Narodu, jakim niewątpliwie jest Papież Jan Paweł II.

Staszowianie od początku pontyfikatu Jana Pawła II modlili się w jego intencji. 16 października 1978 r., czyli w momencie wyboru Polaka na Stolicę Apostolską, uczynili uroczyste postanowienie, że każdego dnia publicznie będą odmawiać za Papieża dziesiątkę różańca, a 16-go każdego miesiąca uczestniczyć w Mszy świętej w jego intencji. Ta modlitwa za Papieża Polaka płynęła przez 27 lat jego pontyfikatu. Modlitwy te nasiliły się wśród wiernych szczególnie po 13 maja 1981 r., czyli po dniu zamachu na życie Papieża. W dniu kiedy Papież został ciężko ranny, społeczność Staszowa modliła się o życie Jana Pawła II w kościele p.w. Świętego Bartłomieja. Spontanicznie także gromadziła się na placu po zburzonym w 1944 r. kościele wznosząc modlitwy, by Papież mógł przeżyć. Wtedy to zrodziła się myśl, że jeśli władze pozwolą zbudować nowy kościół w Staszowie, to będzie on wotum wdzięczności za życie Papieża Polaka. Kiedy dokładnie rok po tym wydarzeniu Jan Paweł II pojechał do Fatimy, aby podziękować Maryi za cudowne ocalenie, parafianie wraz z ówczesnym proboszczem ks. Adamem Rdzankiem podjęli ostateczną decyzję, że podnoszony z ruin kościół p.w. Ducha Świętego będzie wotum mieszkańców miasta za uratowanie Papieża.

Jan Paweł II wiedział, że wierni w Staszowie budują kościół, jako wotum za jego ocalone życie 13 maja 1981 r. Na trud budowy, a potem konsekracji świątyni oraz obchodów setnej rocznicy sprowadzenia obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy do Staszowa udzielał parafii swoich błogosławieństw. Parafia może więc poszczycić się aż czteroma błogosławieństwami apostolskimi udzielonymi przez Jana Pawła II.

Swojego błogosławieństwa Jan Paweł II udzielił również z okazji konsekracji świątyni w 1996 r. o następującej treści: "Ojciec Święty Jan Paweł II udzielił całym sercem Apostolskiego Błogosławieństwa wiernym parafii Staszów i budowniczym Kościoła Św. Ducha jako zadatek obfitych łask Bożych". Ponadto w 1999 r. Papież pobłogosławił całej parafii z okazji obchodów setnej rocznicy sprowadzenia z Rzymu kopii obrazu Matki Boskiej Nieustającej Pomocy.

Kościół p.w. Ducha Świętego usytuowany został wzdłuż osi północ-południe. Jest dwukondygnacyjny, a jego bryła przypomina płynącą łódź. W świątyni górnej ołtarz zwrócony jest ku północy. Nad nim umieszczony został witraż wyobrażający biblijną scenę Zesłania Ducha Świętego wraz z czterema Ewangelistami. W kościele tym od strony południowej znajduje się jeszcze drugi witraż z wyobrażeniem Ducha Świętego, postacią Jana Pawła II oraz godłem Polski. Kondygnacja ma 1500 m2 powierzchni.

Wystroju wnętrza dopełniają tablice i pomniki. Obecnie w kruchcie kościoła znajdują się dwie tablice i medalion. Jedna o treści: "Kościół Ducha Św. wzniesiony w latach 1982-1996 wg proj. inż. arch. Jerzego Wójcika na gruzach świątyni zburzonej w czasie II wojny światowej wysiłkiem parafian staszowskich staraniem ks. prob. Henryka Kozakiewicza papież Jan Paweł II poświęcił kamień węgielny podczas II pielgrzymki do Ojczyzny. Konsekrował ks. bp Wacław Świerzawski pasterz diecezji sandomierskiej w dn. 13. 10. 1996 r. w 18 roku pontyfikatu papieża Jana Pawła II Polaka. Społeczeństwo Ziemi Staszowskiej". Druga zaś z inskrypcją: „Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II niestrudzonemu Pielgrzymowi wdzięczni za Apostolskie Błogosławieństwo na III tysiąclecie naszej wiary - mieszkańcy Ziemi Staszowskiej. 12 VI1999". Ponadto w tym samym roku w kruchcie kościoła zainstalowano medalion z wizerunkiem Chrystusa upamiętniający Jubileusz Roku 2000 z napisem "Jubileusz Anno Domini. 2000". Interesująco przedstawiają się także tablice na zewnątrz kościoła. Przed głównym wejściem znajduje się tablica upamiętniająca intencję budowniczych kościoła o treści: "Kościół Św. Ducha w Staszowie jest wotum wdzięczności całej parafii za uratowanie życiu Papieża Polaka - Jana Pawła II w dniu 13-V-1981 w Rzymie". Dodatkowo w 2002 r. zainstalowane zostały tam dwie tablice upamiętniające 24-rocznicę pontyfikatu Jana Pawła II. Jedna z nich przedstawia popiersie Ojca Świętego z napisem "Papież Jan Paweł II Totus Tuus", a druga herb Papieża i słowa z pierwszej pielgrzymki do Polski: "Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi" oraz napis: "Jezu Ufam Tobie".

Warto również wspomnieć, iż 2005 r. we wnętrzu kościoła wyodrębnione zostało miejsce na kaplicę imienia Jana Pawła II, dla której to w 2006 r. metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz, za pośrednictwem biskupa Andrzeja Dzięgi, przekazał osobisty ornat Jana Pawła II z prywatnej kaplicy papieskiej. Biskup ordynariusz, przekazując ornat na ręce kustosza świątyni ks. Henryka Kozakiewicza, powiedział: "Ornat ten zawierzam trosce i odpowiedzialności Czcigodnego Księdza Kanonika (dziś prałata) jako Kustosza tej Świątyni, a w przyszłości Księdza Następców. Niech pozostanie na zawsze tutaj jako znak umacniającej się wiary i ofiarnej miłości, szczególnej czci dla Najświętszej Eucharystii oraz pełnego posłuszeństwa Duchowi Świętemu. Niech też umacnia naszą nadzieję na skuteczne wstawiennictwo Sługi Bożego Jana Pawła II przed Bogiem w sprawach, które mu przedstawiamy". Natomiast 15 maja 2011 r. dla sanktuarium został przekazany relikwiarz z relikwiami Jana Pawła II.

Kaplica ta w 2011 r. ze względu na beatyfikację Jana Pawła II zmieniła swój wystrój. Obecnie wyeksponowana w niej została: figura klęczącego papieża Jana Pawła II (naturalnych rozmiarów), obraz z wizerunkiem Jezusa Ukrzyżowanego, obraz Matki Bożej Jasnogórskiej oraz wybrane zdjęcia Jana Pawła II z jego pielgrzymek do Polski.

Dolna kondygnacja o powierzchni 600 m2, poświęcona jest Matce Bożej Nieustającej Pomocy, gdzie w ołtarzu głównym, zwróconym w kierunku południowym, znajduje się ikona z Jej wizerunkiem. Obraz ten z płonącej świątyni w 1944 r. uratował organista Władysław Amborski.

Ciekawostką jest fakt, iż w czasie trwania budowy kościoła był on wieszany na rusztowaniach, gdzie towarzyszył robotnikom przy pracach budowlanych. Wystroju wnętrza tej kondygnacji, tak, jak i górnej, również dopełniają pamiątkowe tablice oraz pomniki. Jedna z nich, upamiętniająca poświęcenie kamienia węgielnego przez Jana Pawła II, znajduje się przed głównym wejściem o treści: "Papież Jan Paweł II poświęcił ten kamień pod budowę kościoła Św. Ducha w Staszowie. Kraków 10 VI 1979". Tam też umiejscowiona została druga tablica z napisem: "Kościół Matki Bożej Nieustającej Pomocy poświęcił ks. Infułat Roman Chwałek w dniu 7 X 2011 r. Matko Boża Pomagaj nam nieustannie". Ponadto w kruchcie dolnego kościoła znajdują się dwa pomniki: jeden upamiętniający bohaterów II wojny światowej, a drugi więźniów politycznych reżimu komunistycznego z Ziemi Staszowskiej.

W najbliższym otoczeniu kościoła znajduje się figura Papieża Jana Pawła II ufundowana w 2011 r. przez rodzinę państwa Wrześniaków, krzyż postawiony w 1996 r., z okazji misji świętych, przygotowujących wiernych do konsekracji kościoła p.w. Ducha Świętego z napisem: "Misje święte 5-12-X-1996 Staszów".

15 maja 2011 r. w trakcie diecezjalnej uroczystości dziękczynnej za beatyfikację Jana Pawła II, kościół Ducha Świętego w Staszowie, dekretem bp. Krzysztofa Nitkiewicza, ordynariusza sandomierskiego, został wyniesiony do rangi Sanktuarium Błogosławionego Jana Pawła II.