Od piątku 1 kwietnia 2005 roku w sandomierskiej katedrze nie ustawała modlitwa w intencji Jana Pawła II. Rozpoczęła ją Msza święta o łaskę zdrowia dla Ojca Świętego, odprawiona przez biskupa sandomierskiego Andrzeja Dzięgę o północy z piątku na sobotę. Od soboty do czwartku wierni z Sandomierza i okolic gromadzili się licznie w katedrze o godzinie 21.00, by pod przewodnictwem bp. Mariana Zimałka odśpiewać Apel Jasnogórski, następnie uczestniczyć w nieszporach i Mszy świętej w intencji Jana Pawła II. Codzienne czuwanie kończyła koronka do Bożego Miłosierdzia odmawiana o północy. We czwartek 7 kwietnia katedra była szczególnie wypełniona aż po brzegi wiernymi, gdyż na wspólnej modlitwie zgromadzili się uczestnicy marszu wdzięczności za pontyfikat Jana Pawła II. Wierni oddawali także hołd papieżowi nawiedzając plac, na którym 12 czerwca 1999 roku celebrował Mszę świętą. Tutaj zapalali znicze, składali kwiaty oraz trwali w skupieniu i modlitwie.

W dzień pogrzebu Jana Pawła II, 8 kwietnia została odprawiona w bazylice katedralnej w Sandomierzu Msza święta pogrzebowa za Jana Pawła II, połączona z nieszporami żałobnymi. Świątynia nie mogła pomieścić wiernych, którzy przybyli z miasta i okolic, aby oddać hołd ukochanemu Ojcu Świętemu. Przed ołtarzem został ustawiony paschał, wokół którego wierni składali kwiaty. Liturgii przewodniczył biskup senior Wacław Świerzawski. W homilii bp Marian Zimałek powiedział: - przychodzimy, aby modlić się za Ojca Świętego, oddać mu hołd, okazać synowską miłość oraz pożegnać honorowego obywatela Sandomierza. Po Eucharystii wszyscy zgromadzeni pod przewodnictwem bp. Zimałka wyruszyli z lampionami w różańcowej procesji na Plac Rybitwy, na którym 12 czerwca 1999 r. modlił się Jan Paweł II. Pod krzyżem papieskim złożono kwiaty i lampiony. Wspólną modlitwę zakończyła pieśń "Bogurodzica" i Apel Jasnogórski.

10 kwietnia uroczysta liturgia zakończenia diecezjalnych dni żałoby i modlitw po śmierci Ojca Świętego Jana Pawła II zgromadziła na Placu Papieskim w Sandomierzu kilka tys. wiernych i ponad 100 kapłanów. We wspólnej dziękczynnej modlitwie za pontyfikat Jana Pawła II połączyli się: duchowieństwo, osoby konsekrowane, przedstawiciele wszystkich parafii i różnych środowisk diecezji, na czele z władzami samorządowymi, członkami ruchów i stowarzyszeń katolickich, uczelni wyższych, szkół, a przede wszystkim szkół imienia Jana Pawła II oraz wszyscy ludzie dobrej woli. Mszy świętej przewodniczył bp Andrzej Dzięga, a koncelebrowali biskupi pomocniczy: Marian Zimałek i Edward Frankowski. Burmistrz Sandomierza Jerzy Borowski zaapelował, aby dzień 12 czerwca każdego roku, dzień rocznicy wizyty apostolskiej w Sandomierzu w 1999 r. Jana Pawła II, obchodzony był jako Sandomierski Dzień Ojca Świętego Jana Pawła II. Poinformował także, że wkrótce zostanie wzniesiony pomnik Jana Pawła II, a jeden z głównych placów w mieście będzie nosił jego imię. Na zakończenie salwami oddało hołd Papieżowi Wojsko Polskie i Rycerstwo Ziemi Sandomierskiej.